自动离职时公司扣工资会受特殊情况影响，具体如下：
1. 未提前通知用人单位：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条，劳动者需提前30日书面或试用期内提前3日通知离职。若未通知且给单位造成损失（如生产经营中断、招聘费用增加等），单位可要求赔偿，此时扣除工资需符合《工资支付暂行规定》第十六条的限制。
2. 公司有合法扣薪理由：若劳动者违反公司民主程序制定且公示的规章制度、造成重大损失，公司可依规定处罚扣减工资，但需有明确法律依据和公司规定，且扣除额不超法定限额。例如，劳动者故意损坏贵重设备致1万元损失，公司可从工资中扣赔，但每月扣除部分不超当月工资20%。
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自动离职后公司扣工资是否合法，需视具体情况判断。劳动者有权获得应得工资，但特定情形下公司可扣部分工资：
1. 已提供劳动：只要劳动者实际付出劳动，公司不能以自动离职为由拒付工资。
2. 造成经济损失：公司可按合同约定扣工资，但每月扣除额不超20%，且剩余工资不低于当地最低工资标准。
3. 违反服务期或竞业限制：劳动者违约离职，公司可要求支付违约金，但不能直接扣工资抵扣，除非双方另有合法约定。
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关于自动离职公司扣工资是否合法，《中华人民共和国劳动法》和《工资支付暂行规定》有明确规定：
《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应以货币形式按月支付，不得克扣或无故拖欠。”自动离职的劳动者已提供劳动，公司应支付相应工资，无故扣薪违法。
《工资支付暂行规定》第九条：“劳动关系解除或终止时，用人单位应一次性付清劳动者工资。”自动离职属于劳动关系终止，公司需结清工资。
《工资支付暂行规定》第十六条：因劳动者本人原因致单位损失，可按合同约定赔偿，从工资中扣除，但每月扣除额不超20%，剩余工资不低于当地最低工资标准。
综上，自动离职公司一般不得扣工资，仅在劳动者造成损失且符合法定条件时可按规定扣除部分工资。
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自动离职后公司扣工资可能带来法律风险，具体如下：
1. 诉讼时效风险：劳动争议仲裁时效为一年，从知道或应当知道权利被侵害时起算。例如，2023年1月自动离职后被扣工资，2024年2月才主张仲裁，已超时效，仲裁机构可能不予受理。
2. 证据链风险：若缺失工作记录（如考勤、工作成果）或工资支付记录（如工资条、银行转账），可能无法证明劳动付出和工资支付情况，导致维权请求难获支持。

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